
Γεννήθηκε το 1782 σε μια σπηλιά κοντά στο Μαυρομμάτι Καρδίτσας από "καλογριά" του κοντινού μοναστηριού του Αγίου Γεωργίου, τη Ζωή Ντιμισκή.
Η μάνα του κατάγονταν από το χωριό Σκουλικαριά της Άρτας, παντρεύτηκε κάποιον Γιαννάκη Μαυροματιανό και πολύ νωρίς έμεινε χήρα. Λέγεται πως ο πατέρας του ήταν ο αρματολός του βάλτου Δημήτρης Ίσκος ή Καραϊσκος. Μέχρι το θάνατό του ο Καραϊσκάκης ήταν γνωστός με το όνομα "Ο γιος της Καλογριάς".
Ο Καραϊσκάκης πέρασε δύσκολα παιδικά χρόνια κοντά στην οικογένεια ενός σαρακατσάνου τσέλιγκα γιατί μόλις έγινε οκτώ χρονών πέθανε η μάνα του κι έτσι μεγάλωσε